Несмотря на отдалённость Скнятино от крупных городов, сталинские репрессии не обошли стороной и его. 7 октября 1937 года священник скнятинской церкви отец Владимир был арестован и заключен в Кашинскую тюрьму, где его допрашивали в течение трех дней. Ему было предъявлено обвинение в антисоветской агитации, так как он высказывал сомнение в необходимости колхозов и обвинял советскую прессу в том, что она скрывает истинные масштабы катастрофы Республиканской Армии Испании, борьба которой против франкистов в ходе Гражданской войны в Испании 1936—1939 гг. была элементом советской пропаганды. 1 ноября Тройка НКВД приговорила о. Владимира к расстрелу. Священник Владимир Введенский был расстрелян через день, 3 ноября 1937 года. Отец Владимир причислен к лику святых Новомучеников и Исповедников Российских на Юбилейном Архиерейском Соборе Русской Православной Церкви в августе 2000 года для общецерковного почитания.
Во второй половине 30-х гг. в верхнем течении Волги началось строительство Иваньковского, Угличского и Рыбинского водохранилищ. Главными задачами строительства были: обечпечение бесперебойного водоснабжения Москвы и создание напора воды для функционирования проектируемых гидроэлектростанций. Решение о строительстве Верхневолжских гидроузлов — Угличского и Рыбинского было принято 14 сентября 1935 года постановлением ЦК ВКП(Б) и Совнаркома СССР. К строительству Угличской и Рыбинской ГЭС во всем мире было приковано огромное внимание. В те годы в мире ещё никто не вёл строительство гидроэлектростанций на равнинных реках и нескальных основаниях. 8 декабря 1940 года состоялся торжественный пуск первого гидроагрегата. После сооружения Угличского водохранилища в 1939 году земляные укрепления, древнее городище и старая ветка железной дороги были затоплены. Ширина Нерли и Волги в этих местах увеличилась в среднем в 3-6 раз. Через разлившиеся реки Нерль и Волнушку сооружены железобетонные мосты.